1、企业文化只体现少数人的价值观，难以在企业内开展与传播
普遍企业存在这个问题。有很多企业领导者认识到，只体现少数人的企业文化是没有生命力的，注定是要消亡的，而只有企业全体上下共同执行才能真正的发挥企业文化的价值。之所以难以在企业内开展和传播主要涉及到企业文化在企业内部有效执行和下属员工对企业文化的准确理解，没有落实到企业决策层、管理层和低层员工工作行为，甚至是生活习惯的企业文化只是挂在墙上的口号。
要使企业文化得到执行，特别是一线职工的执行，必须寻找文化载体，从职工的日常工作行为中处处、时时的体现企业文化，这一点是企业文化建设非常重要的。由于下属职工的素质水平有限，他们往往难以理解企业文化的本质，更不要说能有效的执行。真正出色的企业家必定是先进企业文化的旗手，企业领导人要义不容辞地当好企业文化的倡导者和传教者。因此，除了企业领导要正确理解和执行企业文化之外，还要指引员工理解和执行企业文化。
2、多数企业没有明确的企业文化
没有明确的企业文化是中小民营企业普遍存在的一个问题，它们没有企业文化的原因主要是认为企业文化与业绩没有直接的关系，与其建设企业文化，不如创造更多经济效益。目前多数中小民营企业更加关心的问题是企业生存和如何突破发展瓶颈，追求的是企业短期的利益和实实在在的业绩增长。而企业文化对企业的增长或发展往往表现为隐性的、长期的推动作用，因此，部分企业没有耐心去建立自己的企业文化。
3、企业文化是四分五裂的
企业规模越大，这种问题越容易出现。企业文化呈现四分五裂已经成为企业文化建设过程当中的一个难题，这种四分五裂主要表现在领导文化、员工文化以及其他小团体文化。那么这种问题是如何形成的呢？一是企业文化塑造者，即企业高层在塑造企业文化过程中没有把企业文化最核心、最本质的一面很好的传播给企业每一位员工，也没有教导员工如何去理解和认识企业文化真正的内涵；二是各部门、上下级之间缺乏一个整体的向导，导致不同部门和上下级之间有不同的理解，甚至出现一些消极的理解；三是由于一些小团体的主观因素形成一些异样的团体文化。作为企业的高层必须防范企业可能出现影响企业的主流文化的一些支流文化。
4、企业文化缺乏与时俱进，企业管理者和员工仍墨守陈规
快速变化的经济环境和激烈竞争的市场环境，求变成为众多企业寻求持续发展的永恒主题。企业文化建设也是如此，不可能一成不变，但企业文化的一些最本质、灵魂性的东西是不宜随便更改的，除非出现严重的问题。企业文化与时俱进，变的是企业文化的载体、文化理念、文化制度以及文化执行方式等。
以联想为例：联想的文化为诚信、共享、创新、服务、效率、承诺、创业，这种文化不是一蹴而就的，而是通过长期摸索和积累而成的。创业期的文化注重经营意识，市场目标导向；起步期的文化强调组织适应，导入严格文化；发展期的文化不断强化规范管理，导入亲情文化；新创业期的文化注重战略规划、文化推进，业务创新。
在文化创新过程中一定要科学分析，区别对待，不要将“洗澡水和小孩一块倒掉”。比如，郭仕纳担任IBM公司董事长期间，对IBM文化进行创新时就有这么一个例子，他继承了IBM创始人汤姆.沃森就形成的核心价值观“尊重客户”，但是却废除了员工上班“穿深色西装、白衬衣、素色领带”的要求，因为在创始人汤姆.沃森年代，“穿深色西装、白衬衣、素色领带”是对客户尊重的有效表现形式，但是在郭仕纳担任IBM公司董事长的90年代，这种形式已经过时了，不符合外部环境了。
可见，不管是联想还是IBM，它们在企业文化建设的创新过程中不是一成不变的，也不是随意的创新。它们既能保持与时俱进、不断完善，同时又能坚持某些核心的价值观。
5、领导者的管理政策与企业文化不一致，使组织中的成员对企业文化产生怀疑和不信任的态度
这里的管理政策包括管理制度、管理措施和各种战略发展规划等等。多数管理者在制定管理政策往往与企业文化是不一致的，这已经成为一种常态。一方面是忽视企业文化与管理政策相结合的重要性；另一方面是没有把制定管理政策和企业文化相结合的意识。
比如有些便利连锁店把“便利、快捷”定位企业文化，这就要求为客户提供快捷方便的服务和购物环境，但是管理者在制定便利店的布局、业种配置等政策时却没有体现便利和快捷；再比如有些清洁品生产企业把“洁白”定位企业文化之一，但是公司内部的卫生环境、员工衣着，甚至是员工家庭等却是脏兮兮的，这无疑是管理政策与企业文化的不一致，最终将使组织中的成员对企业文化产生怀疑和不信任的态度。
