正如每一枚硬币都有正反两面，煤化工同样也面临着诸多考验。除投资额巨大，建设周期长外，煤化工对环境和能源有着极高的要求，其高耗能、高耗水对环境容量的考验，仍然是值得我们关注的问题。
资料显示，100万吨/年的煤制油项目，需投资100亿元，每年需消耗500万吨煤、1000万吨水；而生产一吨甲醇要消耗9-10吨水。水利部发布的《2004年中国水资源公报》显示，2004年我国水资源总量为24130亿立方米，同比减少12.9%，正常年份我国工业年缺水至少60亿立方米，影响工业产值2000亿元。
因此，2007年国家发改委发布的《煤炭产业政策》就明确规定，在水资源充足、煤炭资源富集地区适度发展煤化工，限制在煤炭调入区和水资源匮乏地区发展煤化工，禁止在环境容量不足地区发展煤化工。
国家环保总局环境工程评估中心曹凤中认为，以呼和浩特、包头、鄂尔多斯(600295行情,股吧)为例，这些地区煤化工发展势头强劲，随着一批大型项目的落地开工，自备电厂的建设速度加快，对水资源的要求也越来越紧迫。而该地区的水资源量只占全区的9.22%，且大部分已被开发利用。
中原证券化工行业分析师王向生认为，从产业布局来看，可以选择在水、煤资源相对平衡的地区，像云南、贵州、新疆等地区来发展煤化工。
在油价持续高涨的时代，全世界除了中国之外，很少有国家这样大规模地发展煤化工产业，这个现象值得我国政府、产业监管机构和生产企业思考。一些先进的煤化工生产技术在发达国家早就被开发出来，但并未大规模应用。易方达基金表示，其原因有多方面，一个原因是国外对化工产品的需求增长缓慢，不需要大规模新建化工装置；另外一个重要的原因就是煤化工与石油化工相比，产生较大的污染，而这些污染很可能造成生态环境永久性的破坏，而当今的一些发达国家已经把生态环境与人权、发展经济视为同等重要的社会基础要素，因而他们没有轻易大规模开展煤化工产业。
易方达基金认为，中国应该大幅提高环境保护的标准，将环境保护提高到与发展经济、保护民生同样重要的位置上来，严格处理违规排污的企业，并大幅提高对清洁生产工艺、环境保护技术、污染处理技术的支持力度，使环境成本真正成为企业生产的内在成本，而不是为了眼前的短期利益，不断制造污染物。
此外，运输问题也是制约煤化工发展的一个方面。王向升告诉记者，拿二甲醚为例，二甲醚属于危险品，还未列入铁路危险品运输名单，如果单靠公路来运输的话，其运输成本就会非常高。他表示，可以选择在就近城市消耗和管道运输的方式来尽可能降低其运输成本。
