报告认为，2006年我国医药产业区域集聚优势依然明显。“长三角”、“环渤海”和“珠三角”共完成全国医药工业销售收入和利润的62.8%和67.3%。我国已经拥有了7个国家级生物产业基地。
产业集聚呈加快推进趋势，企业并购更加合理。一方面，一批实力较强的企业加快了并购重组的步伐：华鲁控股重组新华鲁抗；石药集团全部国有股权转让联想控股；华润集团出资50亿重组华源后，又成为三九集团资本重组的战略投资者。另一方面，外资加大投资、加速进入是我国医药行业并购重组的另一特点。2006年，荷兰帝斯曼收购华北制药的部分股权成立合资企业，德国拜耳以12.6亿的高价收购东盛集团下属的盖天力公司。
此外国内药企强大的销售网络也是外资并购重组的重要因素。2006年，欧洲的联合美花公司投资5.45亿元与广州医药公司共同组建了目前国内医药商业领域最大的合资公司。
报告指出，生物技术投资渐热，境外融资持续升温。2006年，我国共有上海医药之星、深圳迈瑞医疗、斯达制药和中生北控4家医药企业在海外上市，融资近5亿美元。2007年1至8月间，已有贵州同济堂、沈阳三生药业、先声药业等9家企业分别在美国、新加坡和中国香港上市。而且，都有PE的参与，正是其介入促使我国制药企业完成了产业扩张向资本扩张的过渡。
报告显示，2006年化药制剂、中成药和化学原料药作为贡献最大的三个子行业，为我国医药工业贡献了71%的利润。但三行业利润增幅均呈严重下滑态势，其中，化学原料药工业完成销售收入和利润分别为1086.4亿元和61.9亿元，同比下降5.7%和4.5%
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