指含有大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质的肥料。
1、堆肥。以各类秸秆、落叶、山青、湖草、人畜粪便为原料，与少量泥土混合堆积而成的一种有机肥料。
2、沤肥。所用物料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下（嫌气性）进行发酵而成。
3、厩肥。系指猪、牛、马、羊、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆制成的肥料。
4、沼气肥。在密封的沼气池中，有机物在嫌气条件下腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。
5、绿肥。利用栽培或野生的绿色植物体作肥料，主要分为豆科和非豆科两大类，豆科有绿豆、蚕豆、草木樨、沙打旺、田菁、苜蓿、柽麻、紫云英、苕子等。非豆科绿肥，最常用的有禾本科，如黑麦草；十字花科，如肥田萝卜；菊科，如肿炳菊、小葵子；满江红科，如满江红；雨久花科，如水葫芦；苋科，如水花生等。
6、作物秸秆。农作物的秸秆是重要的有机肥源之一，作物秸秆含有相当数量的为作物所必需的营养元素（N、P、K、Ca、S等），在适宜的条件下通过土壤微生物的作用，这些元素经过矿化再回到土壤中，为作物吸收利用。
7、泥肥。未经污染的河泥、塘泥、沟泥、港泥、湖泥等。
8、饼肥。菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、花生饼、蓖麻饼、茶籽饼等。
二、商品肥料
1、商品有机肥料。指以大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质为原料等加工制成的商品肥料。
2、腐殖酸类肥料。指泥炭（草炭）、褐煤、风化煤等含有腐殖酸类物质的肥料。
3、微生物肥料。指用特定微生物菌种培养生产具有活性的微生物制剂，它无毒无害、不污染环境，通过特定微生物的生命活动能改善植物的营养，或产生植物生长激素，促进植物生长。根据微生物肥料对改善植物营养元素的不同，可分成五类；根瘤菌肥料，固氮菌肥料、磷细菌肥料、硅酸盐细菌肥料、复合微生物肥料。
4、半有机肥料（有机复合肥）。由有机和无机物质混合或化合制成的肥料。经无害化处理后的畜禽粪便，加入适量的锌、锰、硼、钼等微量元素制成的肥料，发酵废液干燥复合肥料：以发酵工业废液干燥物质为原料，配合种植蘑菇或养禽用的废弃混合物制成的肥料。
5，无机（矿质）肥。矿质经物理或化学工业方式制成，、养分呈无机盐形式的肥料。矿物钾肥和硫酸钾；矿物磷肥（磷矿粉）；煅烧磷酸盐（钙镁磷肥、脱氟磷肥）；石灰石：限在酸性土壤使用；粉状硫肥：限在碱性土壤使用。
6、叶面肥料。是指喷施于植物叶片并能被其吸收利用的肥料，叶面肥料中不得含有化学合成的生长调节剂。微量元素肥料，以Cu、Fe、Mn、Zn、B、Mo等微量元素及有益元素为主配制的肥料。植物生长辅助物质肥料，用天然有机肥提取液或接种有益菌类的发酵液，再配加一些腐殖酸、藻酸、氨基酸、维生素、糖等配制的肥料。
三、其他肥料
1、包括不含合成添加剂的食品、纺织工业的有机副产品。
2、包括不含防腐剂的鱼渣，牛羊毛废料，骨粉、氨基酸残渣、骨胶废渣等。
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