新制度明确，高等学校实行“统一领导、集中管理”的财务管理体制;规模较大的学校可以实行“统一领导、分级管理”的财务管理体制。高等学校财务工作实行校(院)长负责制，应设置总会计师岗位。总会计师为学校副校级行政领导成员，协助校(院)长管理学校财务工作，承担相应的领导和管理责任。
根据新制度，国家对高等学校实行核定收支、定额或者定项补助、超支不补、结转和结余按规定使用的预算管理办法。高等学校预算编制应当遵循“量入为出、收支平衡”的原则。收入预算编制应当积极稳妥;支出预算编制应当统筹兼顾、保证重点、勤俭节约。
新制度要求，高等学校从财政部门和主管部门取得的有指定项目和用途的专项资金，应专款专用、单独核算。高等学校应加强支出管理，不得虚列虚报;应当进行支出绩效评价，提高资金使用的有效性。
新制度提出，高等学校应严格控制对外投资，不得使用财政拨款及其结余进行对外投资，不得从事股票、期货、基金、企业债券等投资。此外，还应建立健全财务风险控制机制，规范和加强借入款项管理，严格执行审批程序，不得违反规定举借债务和提供担保。
