全国生态功能区划是基于生态环境保护的产业结构调整和布局的重要决策依据，是依法加强资源开发环境监管的重要尺度，是实施区域生态环境分区管理的基础和前提，是继我国自然区划、农业区划之后，在生态环境保护与生态建设方面的重大基础性工作。根据《全国生态功能区划》，全国被划分为216个生态功能区。其中，具有生态调节功能的生态功能区148个，占国土面积的78%；提供产品的生态功能区46个，占国土面积的21%；人居保障功能区22个，占国土面积1%。
环境保护部副部长吴晓青说，编制《全国生态功能区划》是生态环境保护的一项重大基础性工作，得到国务院和全国31个省、自治区、直辖市人民政府有关部门，以及中国科学院的大力支持，是科技创新与政府管理有机结合的成功范例。生态功能区划是依据生态系统内在属性特征，对其在空间呈现的同一性和差异性做出的科学划分，在我国还是首次。
中国科学院副院长丁仲礼表示，生态系统服务功能研究是当前国际科学研究的前沿领域。《全国生态功能区划》力求符合我国生态环境保护的要求以及我国国情的特点，直接服务于国家区域发展战略和可持续发展战略需求，是保障国家生态安全的科学基础和前提，为国家主体功能区的划分、生态补偿机制的建立奠定了基础。
吴晓青要求，要充分发挥《全国生态功能区划》的作用，使之逐步纳入国家限制开发和禁止开发主体功能区管理体系，成为区域开发和经济发展的准入条件；成为指导资源开发、经济结构调整和产业布局、生态环境保护和建设的重要依据；成为全面贯彻落实科学发展观，牢固树立生态文明观念，建设资源节约型和环境友好型社会的有力手段。
