交通运输系统各单位采取措施加强奥运安保工作。
湖南省交通厅：
开展安全、质量、稳定隐患排查，着力抓好运输、施工、港口作业、公共领域安全和行业维稳工作；主要领导带队亲自接访、下访，解决重点、难点问题，严防发生大规模聚集和非正常进京上访；开展“回头看、查盲区、找漏洞”活动，跟踪督促奥运安保和维稳工作落实情况。
部水运院：
召开奥运安保再动员会，开展为期两个月的“奥运平安，我平安”主题活动，要求全体党员和职工充分认识安保形势，树立奥运安全，人人有责的意识，认真做好奥运安保内部稳定工作。
南海救助局：
加强组织领导，落实各项防范措施，开展安全教育，增强干部职工安全意识，加强对船舶、码头、基建设施等重点部位的巡逻守护，严格执行安全保卫和维护稳定工作信息报告制度。
深圳海事局：
狠抓安检员技能培训，加强与香港海事处就船舶保安检查方面的合作交流，提高船舶保安检查水平；严把签证关，加大船舶保安检查和隐患治理力度，结合年度重点工作安排，加强对驶往青岛港船舶、危险品运输船舶和客渡运输船舶的监管力度。
福建海事局：
加强辖区高风险船舶的安全监管工作，全面掌握辖区高风险船舶的基本情况，防止被恐怖分子利用，确保安保反恐工作得到落实，为奥运会的成功举办营造一个安全、稳定、和谐的航运环境。
长江航务管理局：
8月1日至9月21日期间，对通过三峡船闸和葛州坝船闸的所有船舶实施安保检查。
长江航运公安局：
召开局务会专题研究落实三峡两坝船闸水域奥运安保工作，实行24小时不间断巡防巡查，认真查漏补缺；加强队伍纪律作风建设，确保政令畅通，树立“长航一盘棋”思想，加大联合执法力度。
三峡通航管理局：
8月7日至13日，载运一级危险品船舶禁止通过葛洲坝和三峡船闸。8月14日至残奥会结束，载运一级危险品船舶实行“即检即过”，并安排白天通过葛洲坝和三峡船闸；载运二级危险品船舶实施集中安排专闸通过，确保在两坝间不滞留。
宁波市交通局：
对所有的客运场站和25家港口保安设施单位的安全措施进行了全面升级。