检查结果表明，中央储备粮实际库存与账面库存相符，地方储备粮实物库存比账面库存少０．７６％，最低收购价粮及中央临时储存等其他政策性粮食实物库存比账面库存少１．９７％，均在合理误差范围内。上述粮食库存约占全国粮食库存总量的８０％，２００６年及以后收获的新粮比例达到７３％。
检查也发现，国有粮食企业按照市场原则自主购销的商品粮存在差数，实物库存比账面数少５．８６％，主要原因是部分企业管理不规范，粮食销售出库未及时减账。还有个别企业违规销售粮食、挪用收购资金形成亏库，如黑龙江省富锦九○粮库违规销售粮食，性质恶劣，目前检察机关正在对案件进行深入调查。
针对检查发现的问题，国家有关部门将采取措施，进一步加强对国有粮食企业库存的管理和监督检查，确保粮食库存真实可靠，既做到政府心中有数，也让群众感到放心。要按照粮食省长负责制的要求，进一步充实地方粮食储备，切实落实各级地方政府对粮食库存管理的责任，建立粮食库存管理责任追究机制；各级粮食行政管理部门要切实加强粮食库存统计管理，严禁在库存统计上出现虚账；进一步改进粮食库存检查方式，加大专项检查、突击检查力度，确保检查结果真实准确，对检查中发现的重大违规违纪案件，要严肃追究有关领导和责任人员的责任，决不姑息迁就。
４月份，根据《粮食流通管理条例》、《中央储备粮管理条例》和《粮食库存检查暂行办法》的有关规定，国家粮食局会同国家发展改革委、财政部和中国农业发展银行，对截至３月末全国国有粮食企业库存情况进行了全面检查。
